Congé maladie dans la fonction publique : jour de carence et rémunération
Dans la fonction publique, chaque arrêt maladie entraîne un jour de carence : le premier jour n'est pas rémunéré et l'agent est payé à partir du deuxième. La règle vaut pour les fonctionnaires comme pour les contractuels, avec des exceptions précises. Le reste de l'arrêt est rémunéré selon un barème qui dépend du statut.
Ce que le jour de carence ne verse pas
Pour un fonctionnaire, le premier jour d'arrêt, l'administration ne verse ni le traitement indiciaire, ni les primes et indemnités, ni l'indemnité de résidence, ni la nouvelle bonification indiciaire. D'autres éléments sont maintenus s'ils vous sont dus : le supplément familial de traitement, les remboursements de frais, les primes liées à l'organisation du travail, les avantages en nature ou la prise en charge partielle du titre de transport domicile-travail.
Les cas où il ne s'applique pas
- la prolongation d'un arrêt, ou un nouvel arrêt pour la même affection après une reprise de 48 heures au plus, avec la case « prolongation » cochée par le médecin ;
- les congés accordés après un premier congé pour une même affection de longue durée, pendant trois ans à compter du premier ;
- le congé pour invalidité temporaire imputable au service, le congé de longue maladie et le congé de longue durée ;
- la maladie déclarée pendant la grossesse avant le congé de maternité, le congé de maternité, et l'arrêt qui suit une fausse couche avant la 22e semaine d'aménorrhée ou une interruption de grossesse pour motif médical ;
- le premier arrêt dans les 13 semaines qui suivent le décès d'un enfant de moins de 25 ans, ou d'une personne de moins de 25 ans dont vous aviez la charge effective et permanente.
Pour un contractuel, les mêmes règles valent, mais la liste cite le congé pour accident du travail ou maladie professionnelle et le congé de grave maladie, à la place de ceux réservés aux fonctionnaires.
Le congé de maladie ordinaire du fonctionnaire
Le congé de maladie ordinaire est accordé à un fonctionnaire en activité ou en détachement quand une maladie, ou un accident survenu hors du temps de travail, l'empêche d'exercer ses fonctions. La rémunération est de 90 % du traitement indiciaire brut pendant trois mois, puis de 50 % pendant neuf mois. L'indemnité de résidence et le supplément familial de traitement sont versés à 100 %. La durée totale ne peut pas dépasser un an sur douze mois consécutifs.
Le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme qui établit l'arrêt prescrit 31 jours au plus pour une première période, et 62 jours au plus pour une prolongation, sauf justification médicale d'une durée plus longue.
Les délais à respecter
L'avis d'arrêt de travail doit parvenir à l'administration dans les 48 heures qui suivent son établissement, prolongations comprises. Hors hospitalisation, un agent qui n'a pas pu tenir ce délai dispose de 8 jours pour justifier l'impossibilité. Après un premier envoi tardif, l'administration prévient l'agent par courrier ; un nouvel envoi tardif dans les 24 mois réduit de moitié la rémunération sur la période concernée.
Contrôles et obligations
Un médecin agréé peut organiser une visite de contrôle à tout moment, et un examen est obligatoire au moins une fois après six mois consécutifs de congé. Un refus de s'y soumettre interrompt le versement de la rémunération. L'agent en arrêt doit cesser toute activité rémunérée, sauf les activités ordonnées et contrôlées médicalement pour sa réadaptation. Un désaccord avec l'avis du médecin agréé se porte devant le conseil médical.
Le contractuel en arrêt maladie
Un contractuel est rémunéré par son employeur s'il a au moins quatre mois d'ancienneté ; sinon le congé n'est pas rémunéré. Dans la fonction publique d'État, le barème est le même que pour les fonctionnaires, à 90 % puis 50 %. Dans les fonctions publiques territoriale et hospitalière, la durée dépend de l'ancienneté :
| Ancienneté | Durée à 90 % | Durée à 50 % |
|---|---|---|
| 4 mois de services | 30 jours | 30 jours |
| 2 ans de services | 60 jours | 60 jours |
| 3 ans de services | 90 jours | 90 jours |
Le contractuel peut aussi recevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale, versées à partir du 4e jour d'arrêt, après un délai de carence de trois jours. Quand l'employeur maintient la rémunération, ces indemnités sont déduites du traitement. L'arrêt est rémunéré pendant 12 mois consécutifs ou 300 jours selon que les arrêts sont continus ou non. Pour comprendre ce qui sépare les deux statuts, voir titulaire ou contractuel.
Ces règles viennent des fiches de Service-Public.fr consultées en octobre 2026. Votre service des ressources humaines applique les modalités de votre employeur ; dans une collectivité, par exemple, le sort des primes pendant un arrêt dépend d'une délibération.