Congé de longue maladie et congé de longue durée

Un fonctionnaire en congé de longue maladie (CLM) garde l'intégralité de son traitement indiciaire pendant un an, puis voit ce traitement réduit. Le congé de longue durée (CLD), réservé à cinq maladies, ouvre des droits plus longs. Les deux congés se demandent auprès de l'employeur après avis du conseil médical, et les règles de rémunération du CLM varient selon la fonction publique. Les informations ci-dessous reprennent les pages de service-public.fr vérifiées le 1er septembre 2026.

Qui peut en bénéficier et pour quelle maladie

Le CLM concerne les fonctionnaires titulaires et stagiaires en activité ou en détachement qui souffrent d'une maladie invalidante nécessitant un traitement et des soins prolongés, d'une gravité confirmée, et qui les empêche d'exercer leurs fonctions. Une liste de maladies est fixée par arrêté, mais elle n'est pas limitative : une autre maladie peut ouvrir droit au congé après avis du conseil médical. L'employeur peut aussi placer l'agent en CLM à partir d'un certificat médical ou d'un rapport de ses supérieurs.

Le CLD est réservé à cinq affections : cancer, déficit immunitaire grave et acquis, maladie mentale, poliomyélite et tuberculose. En règle générale, il est accordé à la fin de la première année de CLM payée à plein traitement, et cette première année est alors requalifiée en CLD. Si les droits à plein traitement du CLM sont déjà épuisés, le CLD peut être accordé directement.

Durée des deux congés

Le CLM dure 3 ans au maximum, de façon continue ou fractionnée si le traitement est périodique. Il est accordé ou renouvelé par périodes de 6 mois au plus. Après un CLM de 3 ans, un nouveau CLM exige au moins 1 an de reprise effective du travail. Le CLD dure 5 ans au maximum, accordé ou renouvelé par périodes de 6 mois, de façon continue ou fractionnée. Un seul CLD de 5 ans est possible par catégorie de maladie pendant la carrière ; une maladie différente ouvre droit à un nouveau CLD complet de 5 ans.

Ce que devient la rémunération

Pour le CLM, le traitement indiciaire est maintenu à 100 % pendant un an. Ensuite, il tombe à 60 % pendant deux ans dans la fonction publique de l'État et à 50 % dans les fonctions publiques territoriale et hospitalière. L'indemnité de résidence et le supplément familial de traitement sont versés en totalité pendant tout le congé. Le calcul se fait jour par jour sur une période de référence glissante de 4 ans : vous gardez le plein traitement tant que vous n'avez pas perçu plus d'un an de CLM sur cette période.

Pour les primes, le sort dépend de la fonction publique. Dans la fonction publique de l'État, elles sont versées à 33 % la première année de CLM puis à 60 % ; dans la territoriale, c'est la délibération de la collectivité qui décide. Pendant un CLD, les primes ne sont plus versées dans la fonction publique de l'État, mais celles perçues pendant le CLM ou le congé de maladie précédent restent acquises ; dans la territoriale, la délibération locale décide. Demandez à votre service des ressources humaines la règle applicable chez votre employeur.

La démarche, étape par étape

1. Vous adressez à l'employeur une demande accompagnée d'un certificat de votre médecin.
2. Votre médecin envoie un résumé de ses observations et les pièces justificatives directement au secrétariat du conseil médical.
3. Le secrétariat vous informe de la date de la séance. Vous pouvez consulter votre dossier, présenter des observations écrites et des certificats, et vous faire accompagner ou représenter. Pour l'État et l'hospitalière, le délai est d'au moins 10 jours ouvrés avant la réunion ; pour la territoriale, vous devez pouvoir consulter le dossier au moins 10 jours avant.
4. Le conseil médical peut recourir à un médecin agréé et vous entendre. Son avis est motivé et confidentiel.

Dans la fonction publique territoriale, l'employeur a 3 semaines pour transmettre la demande. Passé ce délai, vous pouvez envoyer une copie par lettre recommandée avec avis de réception, ce qui vaut saisine. Si la demande intervient pendant un congé de maladie, le CLM ou le CLD débute à la date de la première constatation médicale de la maladie, et le congé de maladie est requalifié. Le renouvellement se fait sur demande, sans nouvel avis du conseil médical, avec un certificat précisant la prolongation. Un médecin agréé vous examine au moins une fois par an, et refuser l'examen suspend la rémunération.

Obligations pendant le congé

Vous devez cesser toute activité rémunérée, sauf une activité de rééducation prescrite sous contrôle médical. Vous signalez tout changement d'adresse et toute absence de plus de deux semaines hors hospitalisation, avec dates et lieux. Vous vous soumettez aux contrôles médicaux. L'employeur peut aussi organiser un contrôle administratif à domicile. En cas d'absence injustifiée ou de refus d'un contrôle, la rémunération est suspendue.

Effets sur la carrière et retour

Le congé n'empêche pas l'avancement d'échelon ni de grade, ne réduit pas les congés annuels et compte pour la retraite. Il ne génère pas de jours de RTT. Pour un stagiaire, il prolonge le stage (dans l'hospitalière, au-delà d'une certaine durée seulement). Pour la retraite anticipée au titre d'une carrière longue, les congés de maladie comptent au plus pour 4 trimestres.

La reprise exige un certificat médical d'aptitude. Après le maximum de 3 ans de CLM ou de 5 ans de CLD, ou si le poste impose des conditions de santé particulières, un avis favorable du conseil médical est nécessaire. Si le fonctionnaire titulaire ne peut pas reprendre, l'administration peut le reclasser dans un emploi compatible, l'inscrire en période de préparation au reclassement, le placer en disponibilité d'office si une amélioration est attendue ou prononcer sa retraite pour invalidité en cas d'inaptitude définitive à tout emploi. Refuser sans motif de santé un poste proposé peut entraîner un licenciement après avis de la commission administrative paritaire.

Sources

• Congé de longue maladie (CLM) du fonctionnaire, service-public.fr
• Congé de longue durée (CLD) du fonctionnaire, service-public.fr